Het collectiebeleid van het museum deelt de aanwezige collectie in in de volgende rubrieken:
- archeologische verzameling;
- middeleeuwse objecten;
- het kasteel van Wageningen;
- de periode-Torck;
- topografisch-historische collectie (schilderijen, prenten, tekeningen);
- de steenfabricage, de tabaksindustrie en de drukkerijen;
- Wageningen Universiteit en Researchcentrum;
- de Tweede Wereldoorlog in Wageningen.
Verwerving
Van actieve verwerving van objecten kan gezien de financiële situatie van het museum slechts af en toe sprake zijn.
De Vereniging van Vrienden van het Museum helpt met regelmaat een aankoop te realiseren. Het museum krijgt vaak voorwerpen aangeboden. Er is een procedure vastgesteld volgens welke aangeboden zaken worden beoordeeld op geschiktheid voor de collectie. Hierbij dient het collectieplan uiteraard als uitgangspunt.
Ten behoeve van wisseltentoonstellingen wordt gestreefd naar verwerving, al dan niet in bruikleen, van voor de tentoonstelling geschikte objecten.Met de historische vereniging Oud Wageningen is een convenant opgesteld om te bevorderen dat Wagenings historisch erfgoed, dat aan een der instellingen wordt overgedragen, optimaal wordt bewaard, ontsloten en gepresenteerd.
In principe verzamelt het museum voorwerpen, waaronder kunstobjecten, en Oud Wageningen prenten, foto’s en ander tweedimensionaal materiaal. Het museum wil naast het culturele erfgoed van de stad ook de hedendaagse cultuur documenteren. Dat is mogelijk door een jaarlijkse gerichte subsidie van de Vereniging van Vrienden van De Casteelse Poort. De kunstaankoopcommissie adviseert het bestuur over de aanschaf van werken van Wageningse kunstenaars.